Zymo Research เปิดตัวซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์ รองรับการตรวจหาเชื้อโควิดในน้ำเสีย

การเปิดตัว VirSieve Bioinformatics Pipeline จะช่วยส่งเสริมความร่วมมือด้านการวิจัยไวรัส SARS-CoV-2 ในสิ่งแวดล้อม

Zymo Research เปิดตัวซอฟต์แวร์ VirSieve Bioinformatics Pipeline สำหรับชุมชนจุลชีววิทยาสิ่งแวดล้อม เพื่อส่งเสริมความร่วมมือทั่วโลกและสนับสนุนการตรวจหาเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 สายพันธุ์ต่าง ๆ ในน้ำเสีย โดย VirSieve เป็นซอฟต์แวร์อัตโนมัติที่สามารถวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 จากตัวอย่างน้ำเสีย เพื่อให้เข้าใจมากขึ้นเกี่ยวกับสายพันธุ์ของไวรัสที่พบในชุมชน ซอฟต์แวร์นี้สามารถประเมินช่วงความเชื่อมั่น (confidence interval) ในการกลายพันธุ์ของไวรัส จึงวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงของสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัสได้อย่างแม่นยำขึ้นมาก

ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคของสหรัฐอเมริกา (CDC) ระบุว่า การฉีดวัคซีนมีผลดีอย่างมหาศาลในการควบคุมการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ในสหรัฐอเมริกา แต่ยังคงมีไวรัสสายพันธุ์ใหม่เกิดขึ้น โดยบางสายพันธุ์ เช่น B.1.1.7 ถูกจัดว่าเป็น “สายพันธุ์น่ากังวล” เนื่องจากมีหลักฐานว่าแพร่กระจายเร็วขึ้น มีความสามารถในการก่อโรคมากขึ้น หรือดื้อวัคซีนมากขึ้น ด้วยเหตุนี้ การตรวจหาเชื้อในน้ำเสียจึงเป็นทางออกที่เหมาะสมที่สุดในการตรวจตราสถานการณ์ในชุมชนแบบเกือบเรียลไทม์  

การตรวจลำดับสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัสในน้ำเสียเป็นเรื่องที่ทำได้ยาก เนื่องจาก RNA ของไวรัสมีการเสื่อมและแตกกระจาย ส่งผลให้การตรวจลำดับสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัสเกิดความผิดพลาด จนทำให้เกิดการเข้าใจผิดว่ามีการกลายพันธุ์ อย่างไรก็ดี VirSieve สามารถระบุความผิดพลาดเหล่านี้และแจ้งว่าความน่าเชื่อถือต่ำหรือไม่มีความน่าเชื่อถือ ช่วยให้นักวิจัยสามารถคัดกรองไวรัสกลายพันธุ์โดยมีข้อมูลสนับสนุนที่น่าเชื่อถือมากขึ้น นอกจากนี้ Zymo Research ยังใช้อุปกรณ์เก็บตัวอย่าง DNA/RNA Shield ที่ช่วยปกป้อง RNA ของไวรัสจากการเสื่อมเพิ่มเติม หลังจากที่ทำให้ไวรัสหยุดทำงานเพื่อเก็บในอุณหภูมิที่เหมาะสมและขนส่งตัวอย่างน้ำเสียอย่างปลอดภัย

“ก่อนหน้านี้ Zymo Research ได้พัฒนาซอฟต์แวร์สาธารณะอย่าง Zymo Research Transmit Program สำหรับส่งผลทดสอบโควิด-19 ผ่านระบบรายงานสาธารณสุข CalREDIE” Dr. Michael Weinstein ผู้อำนวยการระบบสารสนเทศทางห้องปฏิบัติการ และหัวหน้าโปรเจค VirSieve Pipeline ของ Zymo Research กล่าว “VirSieve เป็นความพยายามส่วนหนึ่งของ Zymo Research ในการสนับสนุนการรับมือโรคระบาดทั่วโลกอย่างเต็มที่ โดย VirSieve ไม่เพียงมีศักยภาพในการตรวจสอบไวรัส SARS-CoV-2 สายพันธุ์ต่าง ๆ ในน้ำเสียเท่านั้น แต่ยังรวมถึงไวรัสอื่น ๆ ด้วย จึงสามารถตอบสนองความต้องการด้านสาธารณสุขในอนาคต”

“การตรวจสอบสายพันธุ์ของไวรัสอย่างแม่นยำจากตัวอย่างหรือน้ำเสีย คือกุญแจสำคัญในการระบุสายพันธุ์ไวรัสอย่างถูกต้อง และเป็นประโยชน์ต่อการติดตามจุลินทรีย์ก่อโรค” Dr. Christopher Mason โฆษกของ Zymo Research และผู้อำนวยการร่วมของ WorldQuant Institute for Quantitative Prediction และศาสตราจารย์ภาควิชาสรีรศาสตร์และชีวฟิสิกส์ของ Weill Cornell Medicine กล่าว

สามารถดูข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ VirSieve Pipeline ได้ที่เว็บไซต์ของ Zymo Research หรือติดต่อที่ tech@zymoresearch.com